И это понимаю и знаю

И это понимаю и знаю. По этому и интересно. Формально ведь в данном деле МСП тоже было отказано в льготе именно по причине отсутствия в реестре. А цимус ситуации именно в определении самого МСП, что и роднит данный спор с 223-ФЗ. Так если посмотреть п. 1 чт. 3 209-ФЗ, то прямо в определении сформировано два обязательных условия, который должны выполняться одновременно:
1). отнесенные в соответствии с условиями, установленными 209-ФЗ, к малым предприятиям, в том числе к микропредприятиям, и средним предприятиям,
2). сведения о которых внесены в единый реестр субъектов малого и среднего предпринимательства
Т.е., например, формально быть соответствующим критериям МСП, но не в реестре ты не МСП.
Поэтому, даже внесение изменений в НК, это проблематику не решит, необходимо именно менять определение МСП в 209-ФЗ